Ved lektor Kumar Somyajits laboratorium inviterer Syddansk Universitet ansøgere til et fuldt finansieret PhD-stipendium. Dette stipendium skal undersøge, hvordan celler tilpasser DNA-replikationsmaskineriet, når deres genom fordobles. Projektet forbinder en fundamental udfordring inden for udvikling med en fælles vej for kræftudvikling. Tidligere arbejde inden for cellecyklus og genomintegritet samt erfaring med embryonale/voksne stamceller og kræftcellelinjer er en fordel.
Somyajit-laboratoriet er baseret ved forskningsenheden for Kvantitativ Cellebiologi og Bioimaging på Institut for Biokemi og Molekylær Biologi, SDU. Laboratoriet har en dyb interesse i at studere de regulerende grundlag for cellecyklus, DNA-replikation og genomovervågning inden for patofysiologi. Startdato er den 1. januar 2027, eller hurtigst muligt derefter. Varigheden er 3 år som PhD-studerende. Samtaler med udvalgte kandidater afholdes i anden uge af december 2026.
Forskningsprojekt og rolleHelgenomfordobling (WGD) giver en celle en ekstra kopi af hele dens genom. Dette kan understøtte specialiserede funktioner under udvikling, men det er også almindeligt i aggressive kræftformer, hvor det kan fremme kromosominstabilitet og behandlingsresistens. Efter WGD skal celler kopiere og vedligeholde dobbelt så meget DNA. Replikations- og kromatinvedligeholdelsesmaskineriet øges muligvis ikke i samme takt, hvilket skaber en potentiel kapacitetsflaskehals.
Somyajit-laboratoriets seneste arbejde identificerede PAF15 som en dosis-sensitiv regulator af PCNA. Dette er den glidende klemme, der koordinerer DNA-replikation og reparation. PAF15 hjælper med at fastholde PCNA på kromatin og understøtter modning af den nyligt kopierede efterslæbende streng. Dets overflod skal holdes inden for et snævert område; for lidt svækker replikationen, mens et overskud kan forstyrre PCNA-funktionen (PMID: 41606318; Nature. 2026 Mar;651(8105):521-532. doi: 10.1038/s41586-025-10011-3).
Med udgangspunkt i dette arbejde vil PhD-projektet undersøge, om helgenomfordobling skaber kapacitetsbegrænsninger i det maskineri, der kopierer og vedligeholder genomet i ikke-transformerede celler, kræftceller og murin embryonale stamceller. Projektet vil også undersøge, hvordan celler tilpasser sig disse begrænsninger, og om de resulterende afhængigheder kan give muligheder for at målrette kræftceller.
Projektet kombinerer kvantitativ cellebiologi, genomedigering og biokemiske tilgange. Metoder vil omfatte kvantitativ billedbaseret flowcytometri (QIBC), live-cell imaging, superopløsningsmikroskopi, DNA-fiberanalyser, CRISPR-baseret perturbation, stamcellekultur og differentiering samt kromatinopløst massespektrometri.
Den udvalgte kandidat vil arbejde tæt sammen med forskere i Somyajit-gruppen og samarbejdspartnere ved Institut for Biokemi og Molekylær Biologi. Syddansk Universitet tilbyder et internationalt og tværfagligt forskningsmiljø med avancerede faciliteter til bioimaging, cellebiologi, sekventering, flowcytometri, massespektrometri og metabolomics.
Somyajit-gruppen er placeret ved Institut for Biokemi og Molekylær Biologi, SDU. Instituttet udgør et internationalt, ambitiøst, yderst dynamisk og veludstyret arbejdsmiljø med topmoderne faciliteter til avanceret bioimaging, kvantitativ mekanistisk cellebiologi, næste generations sekventering, enkeltcelle-transkriptomik, flowcytometri, massespektrometri, metabolomics og transgent musearbejde. Strategiske forskningsalliancer eksisterer med Odense Universitetshospital (OUH).
Kvalifikationer/kravSyddansk Universitet søger stærkt motiverede, dedikerede og ambitiøse kandidater med:
En kandidatgrad inden for Life Science, fortrinsvis Molekylær Biologi, Cellebiologi, Biomedicin (5+3-programmet).
En nysgerrig indstilling med en stærk interesse for grundlæggende cellecyklus, DNA-replikation og genomintegritet.
Relevant laboratorieerfaring inden for kvantitativ billeddannelse og genomedigering.
Viden inden for genomintegritet, stamcellekultur, lysmikroskopi og bioinformatik vil blive betragtet som en fordel.
Stærke kommunikations- og samarbejdsevner samt interesse for at arbejde i et tværfagligt miljø.
Færdighed i talt og skrevet engelsk.
PhD-kandidater følger en individuel PhD-plan, der omfatter kursusarbejde, konference-deltagelse og undervisning. Et semester tilbringes typisk ved en anden forskningsinstitution – ofte i udlandet. Stipendiet indebærer en månedlig løn inklusive pension plus kontorfaciliteter og finansiel støtte til konferencerejser og forskningsbesøg i udlandet.
Ansøgningsfrist: Den 8. december 2026 kl. 23:59 dansk lokal tid
Den fulde opslagstekst, inklusive information om ansøgningsproceduren, kan findes på Syddansk Universitets hjemmeside: www.sdu.dk.
